Presadnice se mogu proizvesti u klijalištima, niskim ili visokim tunelima. U takvim prostorima formiraju se gredice širine 1-1,2 m na kojima se sije ručno uz razmak redova 10-15 cm i u redu 2-3 cm.
Obično se nakon sjetve i zalijevanja pokriju lončići i gredice tekstilnom folijom ili papirom da bi se održala vlaga do trenutka pojave prvih znakova nicanja. Tokom rasta presadnica na gredicama ili lončićima, bitno je održavanje optimalnih dnevnih i noćnih temperatura, zračenje zaštićenog prostora, održavanje optimalne vlage i dobra osvijetljenost. Takvim uzgojem presadnica paradajza u optimalnim uslovima brže se postiže potrebna veličina presadnice (5-9 listova, visina 15-25 cm). Zbog moguće pojave biljnih bolesti i šteta uzrokovanih štetnim organizmima, paradajz treba uzgajati u višegodišnjem plodoredu. Pravilan plodored u ekološkom uzgoju paradajza predstavlja preventivnu mjeru za održavanje zdravlja bilja, plodnost i biološku aktivnost tla.
Kod uzgoja povrća vrtlari primjenjuju mješovitu ili kombiniranu sadnju u vrtovima. Sadnjom paradajza s drugim vrstama povrća i cvijećem sprječava se pojava korova i štetnih insekata na prirodan način. Dobar komšija paradajzu se pokazao celer, češnjak, grah, kupusnjače, poriluk, cvekla, salata, radič, mrkava, peršun. Dragoljub zasijan uz paradajz, štiti istog od lisnih ušiju, a kadifica od nemetoda. Posebno je djelotvorna kombinacija kupusnjače i paradajza, jer paradajz odbija kupusnog bijelca. Kao loše komšije paradajzu pokazali su se grašak, komorač i krompir. Kod sadnje presadnica paradajza na otvorenom treba pripaziti da su vremenski uslovi slični onima koji su bili u rasadu, jer je paradajz vrlo osjetljiv na hladnoću.
Najčešća bolest od koje strada paradajz u našim krajevima je plamenjača. Plamenjača je gljivična bolest. Ona se širi kada ima previše vlage, pa da biljka obolijeva uglavnom nakon kiše. Plamenjača uglavnom pogađa rajčicu i krumpir.
Osim plamenjače, paradajz može napasti i pauk. To se često događa za vrijeme jakih suša. Na licu listova pojave se bjelkaste manje ili veće pjege, a na njihovu naličju vidljiva je fina sivkastobijela pređa u kojoj se nalaze pauci, njihove larve i jajašca. Listovi na početku izgledaju mramorno, a kasnije postaju bjeličasti i posuše se. S osušenih listova, pauk se seli prema vrhu biljke na mlade listove. Plodovi ostaju sitni i mijenjaju oblik. Ako se reaguje na vrijeme, u početnoj fazi bolesti biljka se može spasiti. Kad se jednom biljka zarazi, potrebno je odmah odstraniti sve oboljele dijelove biljke i spaliti ih.
Čak i stupiće za koje je biljka bila vezana ne smijete koristiti iduće godine, već ih trebate spaliti. Ono što se da učiniti je pokušati spriječiti zarazu. To možete učiniti tako da njegujete tlo, jer je ono osnova zdravog rasta. Ako biljka ima hranjivo tlo, bit će otporna i teže će se zaraziti. Zalijevajte paradajz tekućim đubrivom od koprive jednom sedmično i biže vam zahvalan. Prskajte ih redovno čajem od preslice. Preslica sadrži puno silicijeve kiseline i djeluje preventivno protiv gljivičnih oboljenja.
Paradajz često napadaju krompirove zlatice. Upravo radi zajedničkih nametnika i bolesti ne preporučuje se sadnja paradajza pored krompira. Krompirove zlatice će ipak prvo odabrati krompir, tek krajem ljeta više počinju napadati paradajz i patlidžan. Krompirovu zlaticu najlakše ćete mehanički ukloniti s vaše biljke. Kada osjete opasnost, ukoče se, padnu s biljke na tlo i prave se mrtve. Tada imate priliku pokupiti ih i odnijeti na neko drugo mjesto gdje neće raditi štetu. Osim krompirove zlatice, paradajz napadaju i lisne uši te razne vrste insekata i gusjenica. Lisne uši možete odstraniti s biljaka mlazom vode. Taj postupak treba provoditi ujutro kako bi se biljke što prije osušile na suncu. Ako to ne pomogne, možete upotrijebiti neko od prirodnih sredstava.
Protiv lisnih uši, hrđe, grinja, gusjenica i mrava u 10 l vode (najbolje kišnice) potopite 300 g svježih listova i cvjetova pelina ili 30 g suhog pelina. Ostavite pelin da se namače u vodi 2–3 dana, nakon čega koristite ovu tekućinu za redovito prskanje vaših rajčica.
Upotreba organskih gnojiva u ekološkoj proizvodnji paradajza je osnovni princip đubrenja, jer nema negativnih posljedica na zdravstvenu ispravnost i hranljivu vrijednost uzgajanih biljaka te negativnog uticaja na okolinu. Za bio-vrtlare kompost je ekološki najprihvatljivije đubrivo. Prilikom spremanja komposta recikliraju se i vraćaju u tlo neiskorišteni biljnih ostaci i maksimalno se čuva okoliš. Kao izvor hraniva može se upotrijebiti stajsko đubrivo koje mora biti potpuno zrelo, jer u protivnom se njegovom razgradnjom troši puno vode što se negativno odražava na rast i razvoj paradajza.
Opšte pravilo među bio-vrtlarima je da tlu oko biljaka u vrtovima pokriju usitnjenim i suvim biljnim materijalom. Malčiranje uz pomoć slame, sijena, usitnjenih grančica i biljnih ostataka osim što smanjuju isparavanje vode, sprječava razvoj korova i stvaranje pokorice. Listovi gaveza (bogati kalijem) i listovi paradajza su prikladna za zastiranje tla na kojem uspijeva paradajz. Često se na većim poljoprivrednim parcelama u ekološkoj proizvodnji pardajza kao pokrovni materijal koristi biorazgradiva malč folija ispod koje su nalazi sistem za navodnjavanje kap po kap. Tokom vegetacije najvažnije je da se paradajzu osigura dovoljno svjetlosti, topline i vlage. Njega paradajz sastoji se od uklanjanja uvelih cvjetova i listova, suvišnih izdanaka (tzv. zaperci).
Bočni izdanci koji rastu iz glavne stabljike paradajza moraju se otkinuti dok su mali, te se sprječava stvaranje grmolikog izgleda i slabije prozračnosti. Zakidanjem vrhova nakon što biljka razvije 4-6 cvjetnih grančica ubrzava se zrioba plodova, a radi boljeg provjetravanja uklanjaju se donji stariji listovi. Zalijevanje i prehranu rajčice treba prilagoditi rastu biljke.