Zasnivaju se na primjeni prirodnih neprijatelja – predatora, parazitoida i patogenih mikroorganizama za suzbijanje štetočina. U posljednje vrijeme, sve više primjenu nalaze biopesticidi (preparati biološkog porijekla) i biljni ekstrati različitih biljaka (koprive, maslačka, itd.), etarska ulja i dr. Oni mogu biti namjenski proizvedeni kao pesticidi, koji se nazivaju botanički pesticidi. Ove mjere imaju posebnu prednost u zaštiti povrća, naročito u zaštićenom prostoru gdje primjena hemijskih sredstava ima najveće nedostatke (otrovnost, ostaci u namirnicama i dr.). U Holandiji, u svim staklenicima gdje se proizvodi povrće, štetočine se suzbijaju biološkim mjerama, koje se sve više primjenjuju i u drugim zemljama Evropske unije.
Biološka zaštita u zaštićenom prostoru zahtjeva poznavanje svi štetočina u datom objektu, uslove od kojih zavisi uspješnost tog načina zaštite i tehnologije postupka. Ukratko, ona trži mnogo veće znanje od onog koje je potrebno za uobičajeni način zaštite, kao i razumjevanje korisnika o potrebi proizvodnje proizvoda bez ostataka pesticida, odnosno o zaštiti životne sredine i zdravlja ljudi. Ako se u jednom stakleniku ili plasteniku želi primjeniti biološko suzbijanje štetočina, mora se primjeniti cijeli sistem mjera. Naime, ne može se jedna vrsta suzbijati grabljivicama ili parazitima, a druga hemijskim sredstvima (pesticidima), jer bi ova posljednja mogla uništiti unesene korisne organizme.
Primjena bioloških mjera bi trebalo da bude stimulisana mjerama agrarne politike, npr. manjim porezima, stimulacijama, pri prodaji proizvoda iz sistema biološke zaštite, jednostavnijim procedurama registracije i uvoza biopesticida.
U svijetu postoji veliki broj sredstava za biološko suzbijanje štetnih organizama, prije svega u zaštičenom prostoru. Ona se mogu podijeliti na biopesticide i biotehnnička sredstva. Biopesticidi uključuju žive agense, makrobiološke (predatore i parazitoide) i mikrobiloške (gljive, bakterije i viruse), prirodne pesticide i produkte metabolizma nekih organizama. Biotehnička sredstva su nežive prirode i predstavljaju hemijske materije koje negativnoo djeluju na ponašanje štetočina, bilo da je u pitanju privlačenje (atraktanti) ili odbijanje (repelenti), a tu spadaju i sredstva koja povećavaju otpornost biljaka ili regulišu razvoj insekata.
Makrobiološki agensi, koji se označavaju kao biopesticidi, mogu biti insekti, grinje, nematode, ptice i sisari. Prema načinu života oni se dijele na predatore i parazitoide.