Neiskorišćene fitofarmaceutske preparate neophodno je pravilno i bezbijedno skladištiti u cilju očuvanja njihovog kvaliteta i mogućnosti upotrebe istih u narednoj sezoni.
Sigurno čuvanje ne predstavlja samo dobru praksu iz bezbjednosnih razloga, već može pomoći u smanjenju vandalizma, krađe ili eventualne zloupotrebe proizvoda. Ovo je posebno važno za one preparate koji su veoma toksični. Međutim, čak i proizvodi koji se ne smatraju akutno otrovnim, mogli bi potencijalno da izazovu opasnost ako se koriste u blizini izvora vode, prehrambene robe ili iznad naseljenih mjesta.
Skladišni prostor koji je namijenjen za čuvanje fitofarmaceutskih preparata treba biti napravljen na način da obezbijedi zaštitu zdravlja ljudi i životinja, životne sredine, kao i očuvanje kvaliteta i efikasnosti preparata.
Objekti za skladištenje moraju biti izgrađeni od tvrdih, hemijski i fizički otpornih i inertnih materijala. Neophodno je da budu suvi i dobro provjetreni. Vrata i prozore bi trebalo zatvarati i zaključavati, osim ako nisu potrebni prozori za ventilaciju. Prozori ne smiju biti većih veličina, kako bi smanjili rizik od ulaska štetočina, životinja ili čak ljudi. Prostorija mora štititi preparate od ekstremno visokih i niskih temperatura, te osigurati zaštitu od uticaja direktne sunčeve svjetlosti.
Trajnost preparata, obično je ograničena na dvije godine, te o datumu proizvodnje i roku trajanja uvijek treba voditi računa pri njihovoj kupovini. Kupuju se samo sredstva za zaštitu bilja koja su registrovana i odobrena za promet i upotrebu.
Dio preparata koji je neupotrebljen, uvijek se čuva u originalnoj ambalaži. Etiketa na ambalaži preparata i bezbjedonosni list (MSDS) sadrže specifične informacije o načinu čuvanja određenog preparata, te ih nikako ne treba skidati niti prekrivati drugim etiketama.
Većinu preparata treba čuvati na temperaturama između 5 – 15 °C. Ukoliko dođe do smrzavanja preparata, prije upotrebe, neophodno je pregledati ambalažu da li je oštećena, a zatim ostaviti preparat na sobnoj temperaturi kako bi se odmrznuo. Zabranjeno je smrznuti preparat izlagati direktnom izvoru toplote ili plamenu. Nakon odmrzavanja preparata, neophodno je posudu protresti kako bi se sadržaj ponovno suspendovao. Ukoliko i nakon odmrzavanja, ostanu kristali, sredstvo ne bi trebalo koristiti, jer je njegova učinkovitost smanjena, te ga je neophodno pravilno odložiti u otpad.
Treba obratiti pažnju i na unutrašnju organizaciju skladišta. Odnosno grupisati preparate prema namjeni (fungicid, insekticidi, herbicid itd.) i formulaciji ( tečnost, prašak, granule itd.).
Isparljive preparate držati odvojeno od ostalih hemikalija. Tečne formulacije držati ispod suvih zbog mogućnosti prolivanja. Sredstva u prahu ili granulama mogu absorbovati vlagu ako se neadekvatno čuvaju, te posebnu pažnju treba posvetiti ambalaži. Ako je papirno pakovanje oštećeno, neophodno je kompletnu kesicu staviti u najlon kesicu prigodne veličine i obavezno obilježiti. Sve se ovo radi u rukavicama a poželjno je nositi i masku. To je neophodno posebno kada se pregledaju praškasti preparati.
Prilikom korišćenja u novoj sezoni, preporučuje se primijeniti najstarije hemikalije, posebno one koje imaju kratak rok trajanja. Voditi evidenciju o kupovini istih i datumu otvaranja na pakovanju.