Na spomen dezinfekcije često se pomisli isključivo na hemijsku dezinfekciju koja je samo dio ukupnih mjera dezinfekcije. Svakoj (hemijskoj) dezinfekciji moraju prethoditi mehaničke mjere, čišćenje (struganje, metenje, četkanje), sanitarno pranje i sušenje, kojima se mehanički uklanjanju mikroorganizmi, odnosno stvaraju preduslovi za uspješno provođenje drugih mjera dezinfekcije, uz primjenu načela sve unutra – sve van.
Kada se čišćenje provodi tekućinama koje se primjenjuju pod pritiskom, mora se voditi računa da ne dođe do ponovne kontaminacije već očišćenih površina. Primjenom mehaničkih mjera uklanja se najviše mikroorganizama. To je posebno važno zbog velike količine organske materije u svinjogojstvu (hrana, feces, prašina, stelja). Fizikalne mjere uključuju uporabu topline koja svojim djelovanjem uništava, usporava rast i razmnožavanje ili uklanja većinu mikroorganizama. Hemijske mjere podrazumijevaju upotrbu dezinfekcijskih sredstava, nakon čega slijedi odmor objekta. Posebno se treba pridržavati tehničkih uputa proizvođača, kao što su pritisak, minimalna temperatura i potrebno vrijeme djelovanja dezinficijensa. Svu opremu, ako je to moguće, potrebno je demontirati, kako se ne bi umanjila djelotvornost čišćenja i dezinfekcije. Higijenske mjere odnose se i na ljude.
Dezinficijens mora s mikroorganizmom stupiti u interakciju pričvrščivanjem, penetracijom i zatim fazom aktivnosti ovisno o tome na koji sastavni dio mikroorganizma djeluje. Hoće li učinak biti germistatski (sprječavanje rasta i razmnožavanja mikroorganizma) ili germicidni (uništenje mikroorganizma), ovisi uglavnom o koncentraciji dezinficijensa. Dva su osnovna pokazatelja bitna za svaki dezinficijens, koncentracija i doza.
Koncentracija je količina odnosno udio djelatne materije u radnoj otopini, najčešće izražena kao postotak (%), a doza količina dezinficijensa koji će se upotrijebiti na određenoj površini ili u volumenu otopine ili zraka. Način primjene dezinficijensa zavisi od objekta tretiranja, pri čemu je nužno utvrditi je li osigurana zaštita okoliša i neciljanog prostora. Najčešće se primjenjuju postupci prskanja, raspršivanja (orošavanja) ili zamagljivanja izloženih površina i prostora te posipanja, brisanja, pranja i potapanja površina, pribora i instrumenata.