Ekološki uzgoj jabuka zahtjeva veću opreynost i znanje u u zaštiti nego kod drugih tipova proizvodnje. Temelji se na odabiru sorti jabuka koje se odlikuju boljom otpornošću na bolesti i štetnike, te primjeni preventivnih mjera koje onemogućavaju pojavu štetnika i bolesti. Upotreba hemijskih sredstava u ekološkom uzgoju jabuka strogo je ograničena.
Uporaba herbicida u ekološkom uzgoju jabuka je zabranjena, te se za suzbijanje korova koriste fizikalne i mehaničke mjere. Rafinirana parafinska mineralna ulja (crveno ulje) koristi se za suzbijanje štetnika i uzročnika bolesti u voćarstvu protiv lisnih vaši (Aphis pomi), crvenog pauka (Panonychus ulmi), pjegavosti lišća i krastavost plodova jabuke i kruške (Venturia spp.). Tretiranje se može obaviti u vrijeme mirovanja vegetacije (2-3 l u 100 l vode), a može se tretirati i u fenofazi zelenog vrha pupa i diferenciranih listića (1-1,5 l u 100 l vode).
Otopina sumpora i kalijevog sapuna koristi se za suzbijanje pepelnice jabuke. Za suzbijanje krastavosti jabuke, bakterijske paleži, koristi se zaštitna sredstva na bazi bakra (bordovska čorba, Nordox), vodeći računa da je u ekološkom voćarstvu u slučaju potrebe dozvoljeno do 6 kg/ha bakra.
Prima je prirodni insekticid na bazi ulja uljane repice koji se koristi za suzbijanje crvenog voćnog pauka i lisnih ušiju.
Na tržištu su zastupljeni preparati koji utuču na otpornost voćaka kao što su MycoSin VIN, Cocana, NeemAzal TS, Biobit WP (Bacillus thuringiensis), Cutisan i dr.
Neka od dozvoljenih sredstava u ekološkom uzoju voćaka su prirodni neprijatelji štetnika, repelenti i atraktanti – alkohol, soda bikarbona, propolis, kameno brašno, kalijev pergamanat, vodeno staklo, brašno od gline (betonit).